近年來,基于CRISPR/Cas9的基因組編輯技術(shù)具有簡(jiǎn)單,高效的特點(diǎn),在生命科學(xué)領(lǐng)域得到廣泛的應(yīng)用。CRISPR/Cas9 基因編輯系統(tǒng)可以對(duì)靶位點(diǎn)DNA進(jìn)行切割從而形成DNA雙鏈斷裂,引起DNA的非同源末端連接(nonhomologous end joining, NHEJ)或者提供供體DNA片段引起同源重組修復(fù)(homologous recombination,HDR)。同源重組修復(fù)效率低下。而NHEJ主要是在靶位點(diǎn)附近形成Indel,這種修復(fù)方式往往不可控,不能滿足科研工作者精確定向編輯的要求。
10月25日,哈佛大學(xué)化學(xué)與化學(xué)生物學(xué)系、HHMI以及哈佛-麻省理工大學(xué)Broad研究所的David Liu教授團(tuán)隊(duì)在Nature上發(fā)表了題目為“Programmable base editing of A•T to G•C in genomic DNA without DNA ”的突破性研究成果。該研究報(bào)道了一種腺嘌呤編輯器 (ABE),其核心是發(fā)現(xiàn)了一種腺嘌呤脫氨酶(ecTadA),ecTadA可以對(duì)腺嘌呤(A)進(jìn)行脫氨形成肌苷(I),而肌苷在DNA復(fù)制中被DNA聚合酶識(shí)別為鳥嘌呤(G),從而通過DNA的復(fù)制就可以把基因組DNA的A•T堿基對(duì)轉(zhuǎn)換成G•C堿基對(duì)。在這項(xiàng)研究中,David Liu實(shí)驗(yàn)室的研究人員通過對(duì)TadA進(jìn)行優(yōu)化,獲得了多種修飾的TadA*,并且與dCas9融合(TadA*-dCas9),形成多種腺嘌呤編輯器(ABEs),通過效率與準(zhǔn)確率的篩選分析,獲得的ABE7.10的定向編輯效率約為50%。
事實(shí)上,David Liu 教授團(tuán)隊(duì)早在2016 年 4 月已經(jīng)報(bào)道了一種可以將G•C堿基對(duì)轉(zhuǎn)換成T•A 堿基對(duì)的研究成果,此研究利用胞嘧啶脫氨酶APOBEC1(能催化C脫氨基變成U,而U在DNA復(fù)制過程中會(huì)被識(shí)別成T)和尿嘧啶糖基化酶抑制劑UGI(能防止尿嘧啶糖基化酶將U糖基化引起堿基切除修復(fù))研發(fā)了第2代和第3代單堿基編輯系統(tǒng)APOBEC-XTEN-dCas9-UGI (BE2)和APOBEC-XTEN-Cas9n-UGI(BE3)。
2. Komor, A.C., Kim, Y.B., Packer, M.S., Zuris, J.A. & Liu, D.R. Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage. Nature 533, 420-424 (2016).